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MAeXRF

MAtériels d’eXtraction et de quantification pour un Référentiel moléculaire
Equipement

Session AAP :

AAP 2024-1

Responsabilité scientifique :

  • Stéphanie Ghislin
  • Agnès Dettaï
  • Rodolphe Rougerie

Axes méthodologiques :

Champs thématiques :

Secteurs disciplinaires :

Partenariat :

Financement :

  • DIM PAMIR
  • 2AD

ID projet : IDF-DIM-PAMIR-2024-1-014

Descriptif :

Les approches moléculaires permettant le suivi de l’évolution de la biodiversité actuelle et passée (barcoding ADN, metabarcoding, ADN environnemental) nécessitent la comparaison à un référentiel taxonomique moléculaire complet et fiable : une base de données moléculaire de séquences reliées à des spécimens bien identifiés et conservés en collection. La création d’un référentiel taxonomique moléculaire français, projet d’établissement du MNHN, est inscrit dans la Stratégie Nationale Biodiversité 2030 (SNB). Ce référentiel sera un système de diffusion secondaire et en priorité de qualification de la qualité des séquences également déposées dans les bases de données publiques. Il sera coordonné à TAXREF, un référentiel national nomenclatural et taxonomique de la faune et flore. La production de données moléculaires nécessaire à ce référentiel nécessite l’accès à des équipements de laboratoire. Le Service de Systématique Moléculaire (SSM) fournit l’infrastructure et les compétences techniques à ce projet. Le SSM est un plateau technique de l’UAR2AD 2700 (CNRS-MNHN) sur le site du MNHN Jardin des Plantes et est inclus dans la plateforme analytique du muséum (PAM). Le plateau technique est accessible à tous (unités du MNHN, autres EPST et laboratoire privés). Il accueille tout projet nécessitant l’utilisation d’outils dédiés à la biologie moléculaire. Ses installations permettent d’aller de l’extraction d’ADN d’échantillons récents ou de collection au séquençage mutualisé y compris nouvelle génération (NGS), réduisant considérablement les coûts. Afin de compléter et renouveler nos équipements et nous permettre une montée en puissance pour accompagner le projet de référentiel taxonomique moléculaire, nous devons acquérir une PCR quantitative (nécessaire à la préparation des banques pour le NGS, indispensable pour le séquençage des spécimens déjà en collection, en particulier les types), deux Thermomixers (nécessaire pour extraire les ADN) et une Thermosoudeuse (pour la réalisation de PCR et d’extractions).
 
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