PaleoproNovo-Map-InStoRe
Station de traitement de données de paléoprotéomique : solution informatique pour le séquençage de novo
Responsabilité scientifique :
- Séverine Zirah
Axes de recherche :
Signal, calcul et statistiques
Partenariat :
Financement :
- DIM Matériaux anciens et patrimoniaux
- MNHN
ID projet : IDF-DIM-MAP-2021-2-002
Descriptif :
La paléoprotéomique est une méthode récente permettant de caractériser la fraction des protéines préservées au sein d’échantillons anciens, fournissant une signature moléculaire liée à la position taxonomique des échantillons. Une limitation de cette approche réside dans la nécessité de confronter les données générées à des bases de données pour identifier les espèces animales. Ainsi, pour les espèces non conventionnelles ou éteintes, seuls les plus proches parents présents dans les bases sont proposés. La station de travail PaleoproNovo permettra de réaliser un séquençage de novo couplé à l’interrogation des bases de données, et ainsi de proposer des séquences nouvelles apparentées à celles des bases de données. Cette étape est une véritable avancée pour la paléoprotéomique. Les données brutes et séquences générées seront déposées dans les bases de données publiques et seront ainsi consultables et réutilisables par la communauté scientifique.
